Uniwersytet prowadzi swą działalność naukowo-dydaktyczną na sześciu wydziałach: Filozoficznym, Historii i Dziedzictwa Kulturowego, Nauk Społecznych, Prawa Kanonicznego Teologicznym i zamiejscowym – Teologicznym Sekcja w Tarnowie.
Trzy wydziały uczelni posiadają Certyfikaty Jakości Kształcenia, dla kierunków: filozofia, historia, teologia wydane przez Konferencję Rektorów Uniwersytetów Polskich w uznaniu wysokiej jakości kształcenia. Wydziały Uniwersytetu posiadają prawo nadawania tytułów i stopni naukowych: licencjata, magistra, licencjata kościelnego (stopnia pośredniego między magistrem a doktorem), doktora i doktora habilitowanego.
Uczelnia należy do Międzynarodowej Federacji Uniwersytetów Katolickich (FIUC) i jej sekcji europejskiej (FUCE), Uniwersyteckiej Sieci Europejskich Stolic Kultury (UNEECC), Konferencji Rektorów Uniwersytetów Polskich oraz Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich (KRASP).