Akademia Zamojska prowadzi zajęcia dydaktyczne na poziomie pierwszego stopnia studiów licencjackich i inżynierskich oraz studiów podyplomowych. Misją Uczelni jest oferowanie wysokiej jakości kształcenia w postaci wiedzy i umiejętności, jaką uczelnia daje swoim absolwentom na dalszą ich życiową drogę. Uczelnia przyjęła strukturę instytutową, w skład której wchodzą: Instytut Humanistyczno-Medyczny, Instytut Społeczno-Ekonomiczny oraz Instytut Techniczno-Informatyczny.